Import de données depuis Excel et CSV

Un fichier dans un formulaire : correspondance des colonnes, les mêmes contrôles qu’à la saisie, un rapport par ligne.

L’import charge des données d’Excel ou de CSV dans les formulaires de l’étude : exports du système hospitalier, résultats de laboratoire, anciens tableurs. Un fichier va dans un formulaire d’une visite. Chaque ligne passe par les mêmes contrôles que la saisie, et à la fin vous obtenez un rapport pour chaque ligne.

Étape 1. Fichier

Ouvrez « Import » dans le menu de l’étude. Choisissez la visite et le formulaire où charger, puis un fichier .xlsx ou .csv. La première ligne du fichier contient les en-têtes, jusqu’à 20 000 lignes au total. Dans Excel, c’est la première feuille qui est lue. Un CSV peut être en UTF-8 ou en Windows-1251, séparé par « ; », « , » ou une tabulation : le portail le détecte lui-même. Pour une visite-événement, comme « Événement indésirable », chaque ligne du fichier ajoute un nouvel événement au patient.

« Modèle Excel de ce formulaire » télécharge un fichier vide avec les bons en-têtes et des indications : codes des réponses, format de date, plage autorisée des nombres.

Étape 2. Colonnes

• Choisissez la colonne du numéro de patient.
• Quand l’en-tête d’une colonne correspond au code ou au libellé d’un champ, le portail fait la correspondance lui-même. Vérifiez le résultat et corrigez-le à la main si besoin.
• « Créer les patients qui ne sont pas encore dans l’étude » ajoute les nouveaux patients du fichier. Pour eux, indiquez la colonne du centre ou un centre par défaut et, si vous voulez, la date d’inclusion, le sexe et l’année de naissance.
• Choisissez comment enregistrer : « Formulaire rempli » ou « Brouillon ». Une ligne à laquelle il manque des champs obligatoires est enregistrée en brouillon.
• Les formulaires déjà remplis sont ignorés par défaut. « Mettre à jour les formulaires déjà remplis » les écrase, et chaque modification va dans la piste d’audit.

Étape 3. Rapport

Pour chaque ligne, vous voyez ce qu’elle est devenue :

• chargée : la ligne est enregistrée ;
• chargée, signalée : la ligne est enregistrée, mais une valeur est inhabituelle (hors de la plage attendue, ou une règle d’avertissement s’est déclenchée). Une query automatique est ouverte aussitôt ;
• ignorée : le formulaire est déjà rempli ;
• erreur : la ligne n’est pas chargée. Cela arrive avec une date fausse, une valeur hors de la plage autorisée, une option de réponse inconnue ou un autre centre. Corrigez ces lignes dans le fichier et chargez-les seules.

Exemple : les résultats du laboratoire

Dans l’étude de démonstration REG-DIAB-01 (registre du diabète de type 2), le laboratoire a envoyé les résultats de la visite « Mois 6 ». C’est le fichier lab_month6.csv de son système, en Windows-1251, séparé par « ; » :

1. Le data manager choisit « Mois 6 · HbA1c et glycémie » et le fichier.
2. Les colonnes de la date de prélèvement et de la glycémie à jeun correspondent aux libellés des champs et sont associées automatiquement. La colonne « HbA1c, % » ne porte pas le nom du champ, on la choisit donc à la main. Le patient REGDIA-02-0006 n’est pas encore dans l’étude : on coche « Créer les patients », et le centre vient de la colonne du centre.
3. Résultat : 4 chargées, 2 erreurs, 1 ignorée.
   • Pour REGDIA-02-0004, l’HbA1c de 11,8 % dépasse les 11 % attendus. La ligne est chargée, et une query automatique est ouverte pour le centre 02.
   • Pour REGDIA-03-0003, la glycémie vaut ND, « pas de données ». Le champ l’autorise.
   • REGDIA-02-0006 est créé dans le centre 02 avec le formulaire.
   • Pour REGDIA-01-0001, le formulaire du Mois 6 est déjà rempli : la ligne est ignorée.
   • REGDIA-03-0004 a une HbA1c de 71, une faute de frappe pour 7,1, alors que 3 à 20 est autorisé. REGDIA-03-0005 a le 31.09.2026, une date qui n’existe pas. Ces deux lignes sont corrigées dans le fichier et chargées de nouveau, seules.

Qui peut importer, et ce que garde la piste d’audit

• Le responsable de l’étude et les data managers peuvent importer. Un data manager qui n’a accès qu’à certains centres charge et voit dans le rapport seulement les patients de ces centres. Les lignes des autres centres sont en erreur.
• L’import est fermé dès que la base est gelée.
• La piste d’audit enregistre chaque valeur modifiée avec le motif « Import du fichier “…” », chaque nouveau patient et l’import lui-même : le fichier et le nombre de lignes chargées, en erreur et ignorées.
• Le bas de la page Import liste les imports précédents, et le rapport de chacun s’ouvre depuis là.
• Le fichier est conservé jusqu’au chargement, un jour au plus. Après l’import, il est supprimé, et seul le rapport reste.